Güney Deniz Saha Komutanlığı, İstiklal Harbi sonrası 1924’te İzmir Naldöken’de bir Mayın Grubu olarak kurulmuştur. İlk olarak İzmir Bahriye Komutanlığı’na bağlı olarak faaliyet gösteren birlik, 1947-1961 yılları arasında Ege Üs Komutanlığı adı altında hizmet vermiştir. 1961’de Genelkurmay Başkanlığı’nın emirleri doğrultusunda Güney Deniz Saha Komutanlığı olarak yeniden yapılandırılmıştır. Konak’taki mevcut yapının yetersiz kalması nedeniyle, 2000 yılında Yenikale/İzmir’de yeni tesislerin inşası tamamlanmış ve 2003 yılında yeni karargah binasında hizmete başlamıştır. Günümüzde, Güney Deniz Saha Komutanlığı, İzmir’de bulunan bu modern tesislerde faaliyetlerini sürdürmektedir.